Foram bem tristes os primeiros meses de 1918. A guerra e a (gripe) “espanhola” haviam matado muitos da população e do convento.

O padre Pio teve as cinco chagas de Cristo crucificado que levou em seu corpo visivelmente durante 50 anos. Um pouco mais de um mês depois de haver tido o coração transpassado, o padre Pio recebe os sinais, agora visíveis, da Paixão de Cristo. O padre descreve este fenômeno e graça espiritual a seu diretor por obediência:

“Era sexta feira, manhã do dia 20 de setembro de 1918. (Festa dos Estigmas de São Francisco)

Eu estava no coro fazendo a oração de ação de graças da Missa e senti pouco a pouco que me elevava a uma oração sempre mais suave, de pronto uma grande luz me deslumbrou e me apareceu Cristo que sangrava por todas as partes.

De seu corpo chagado saíam raios de luz que mais bem pareciam flechas que me feriam os pés, as mãos e o costado. Quando voltei a mim, me encontrei no sozinho e com chagas. As mãos, os pés e o costado sangravam e me doíam até fazerem perder todas as forças para levantar-me. Me sentia morrer, e haveria morrido se o Senhor não houvesse vindo a sustentar-me o coração que sentia palpitar fortemente em meu peito.

Me arrastei até a cela. Me recostei e rezei, olhei outra vez minhas chagas e chorei, elevando hinos de agradecimento a Deus”.

Os estigmas do padre Pio eram feridas profundas no centro das mãos, dos pés e o costado esquerdo. Tinha mãos e pés literalmente traspassados e lhe saia sangue vivo de ambos lados, fazendo do padre Pio o primeiro sacerdote estigmatizado na história da Igreja.

O provincial dos Capuchinos de Foggia convidou ao Professor Romanelli, médico e diretor de um prestigioso hospital, para que estudasse o caso e desse seu parecer. O Doutor Romanelli não teve a menor dúvida do caráter sobrenatural do fenômeno.

Pouco depois a Cúria Geral dos Capuchinos em Roma enviou a São Gionanni Rotondo outro especialista, o professor Giorgio Festa. Suas conclusões foram que “os estigmas do padre Pio tinham uma origem que os conhecimentos científicos estavam muito longes de explicar. A razão de sua existência estão além da ciência humana”.

A notícia de que o padre Pio tinha os estigmas se estendeu rapidamente. Muito rápido, milhões de pessoas acudiam a São Giovanni Rotondo para vê-lo, beijar suas mãos, confessar-se com ele e assistir a suas longas Missas.

Tinha para si a dor e a humilhação, cuidava de esconder ainda mais as feridas e as dores que causavam para evitar o fanatismo do povo.

Uma grande celebridade em matéria de psicologia experimental, o padre Agustim Gemelli, franciscano, doutor em medicina, fundador da Universidade Católica de Milão e grande amigo do Papa Pio XI, foi visitar ao padre Pio, mas como não levava permissão por escrito para examinar suas chagas, este recusou a mostrá-las.

O padre Gemelli saiu de São Giovanni com a idéia de que os estigmas eram falsos, de natureza neurótica e publicou seu pensamento em um artigo publicado em uma revista muito popular. O Santo Ofício se valeu da opinião deste grande psicólogo e fez público um decreto no qual declarava a pouca constância na sobrenaturalidade dos fatos.