Desde novembro de 1966 o padre foi obrigado a celebrar a Missa sentado. A sua Missa deveria ser mais breve do que antes, pela sua evidente situação, desde quando foi obrigado à cadeira, parecia que não seria uma vez.
o declínio físico era evidente. Não causaria espanto quando alguém veio a saber que ele afirmava com precisão, falando a uma sobrinha sua: “Daqui dois anos não existirei mais, porque estarei morto”.
O que não cessaram mais foram suas lutas com Satanás, o “gigante” visto na infância e contra o qual sempre combateu e sempre venceu. Ainda suportava as feridas daqueles combates.
No dia 6 de julho de 1964 houve um grande barulho vindo da sua cela; os frades entraram no quarto e encontraram Padre Pio caído, ferido no supercílio; foi necessário suturar a ferida com pontos. O demônio havia batido sua cabeça no chão; o inchaço é bastante visível numa fotografia do Padre Pio tirada naquela ocasião.
Padre Pio não tinha medo da morte; pois em várias ocasiões entendeu-a como uma libertação.
Em 22 de setembro, domingo a Igreja estava decorada para festa dos cinqüenta anos dos Estigmas; e na sua hora de costume, às 5 horas, Padre Pio começou a celebrar a sua última Missa. Após ainda deu o seu “último adeus aos seus filhos”, por volta das 10h30, na janela do coro .
Passado um pouco da meia-noite, quando já se podia realizara a celebração Eucarística do novo dia, pediu ao padre Pellegrini para celebrar a Missa. Havia se confessado e renovado seus votos religiosos. Faleceu serenamente às 2h30 da segunda-feira, 23 de setembro de 1968,
Examinaram seu corpo e constataram que os estigmas haviam desaparecido completamente, sem deixar nenhuma marca ou cicatriz; deste fato foram registrados documentos por escrito e documentação fotográfica.
Para a ciência restará sempre um mistério de como os estigmas apareceram e também desapareceram misteriosamente, como duraram por mais de cinqüenta anos. Estava concluída a missão que o Senhor lhe havia confiado.
São Pio de Pietrelcina 